Quando foi esta supremacia reivindicada  pela primeira vez?

No ano de 741.

Quem é o único que deve ter tal preeminência?

Mat 23:9,10. Veja também Col 1:18 na página anterior.
9 E a ninguém na terra chameis vosso pai, porque um só é o vosso Pai, o qual está nos céus. 10 Nem vos chameis mestres, porque um só é o vosso Mestre, que é o Cristo. (Mateus 23:9-10 ACF)

Qual versículo o Papa alega?

Sua própria interpretação de Mat 16:18,19 (Veja sob a seção 2.Igreja).

Cristo deu mais autoridade a Pedro do que a qualquer outro apóstolo?

Não.

Mat 20:25-27; 1Ped 5:1; Apo 21:14; 2Cor 11:28
25 Então Jesus, chamando-os para junto de si, disse: Bem sabeis que pelos príncipes dos gentios são estes dominados, e que os grandes exercem autoridade sobre eles. 26 Não será assim entre vós; mas todo aquele que quiser entre vós fazer-se grande seja vosso serviçal; 27 E, qualquer que entre vós quiser ser o primeiro, seja vosso servo; (Mateus 20:25-27 ACF)

Aos presbíteros, que estão entre vós, admoesto eu, que sou também presbítero com eles, e testemunha das aflições de Cristo, e participante da glória que se há de revelar: (1 Petro 5:1 ACF)

E o muro da cidade tinha doze fundamentos, e neles os nomes dos doze apóstolos do Cordeiro. (Apocalipse 21:14 ACF)

Além das coisas exteriores, me oprime cada dia o cuidado de todas as igrejas. (2 Coríntios 11:28 ACF)

Quem presidiu o único Conselho Apóstolico da igreja primitiva?

Tiago. Pedro não clamou ser o cabeça [nem reivindicou, nem exerceu nenhuma presidência], nem sequer falou primeiro [nem teve a última palavra] (Atos 15)

Mateus 16:19 comissiona [dá poderes a] Pedro como Papa?

Não. Pedro abriu a porta do Evangelho para os judeus em Pentecoste (Atos 2:38-42) e para os gentios na casa de Cornélio (Atos 10:34-36). Ele não assumiu nenhuma outra autoridade. 

O que foi o poder de ligar e desligar (Mat 16:19)?

Isto não teve nada a ver com o destino das almas. Só Jesus segura as chaves desse destino. Ligar e desligar se refere a discernimento espiritual (a palavra "ligar" é literalmente "discernir") de assuntos da igreja. Note que eles não ligam PESSOAS mas sim COISAS ("tudo que" e não "todo que"). João 20:22,23 refere-se a coisas tais como cerimônia e leis do VT aptas a serem trazidas pelos judeus para a igreja primitiva.

Apo 1:18
E o que vivo e fui morto, mas eis aqui estou vivo para todo o sempre. Amém. E tenho as chaves da morte e do inferno. (Apocalipse 1:18 ACF)

Estes poderes foram somente para Pedro?

Não. Foram dados semelhantemente a todos os discípulos.

Pedro ou qualquer apóstolo, alguma vez, receberam tais títulos como os dados ao Papa (Santo Padre; Sua Santidade; Nosso Mais Santo Senhor; O Papa)?

Nunca.

3.2. Doutrina Romanista: O Papa, na sua coroação, se senta no trono onde somente Deus é suposto se sentar e é adorado pelos cardeais, ajoelhados, que beijam sua mão direita e seus pés.

Pedro ou qualquer apóstolo teriam tolerado [qualquer grau de] adoração?

Atos 10:25,26; Apo 19:10; Apo 22:8,9
25 E aconteceu que, entrando Pedro, saiu Cornélio a recebê-lo, e, prostrando-se a seus pés o adorou. 26 Mas Pedro o levantou, dizendo: Levanta-te, que eu também sou homem. (Atos 10:25-26 ACF)

E eu lancei-me a seus pés para o adorar; mas ele disse-me: Olha não faças tal; sou teu conservo, e de teus irmãos, que têm o testemunho de Jesus. Adora a Deus; porque o testemunho de Jesus é o espírito de profecia. (Apocalipse 19:10 ACF)

8 E eu, João, sou aquele que vi e ouvi estas coisas. E, havendo-as ouvido e visto, prostrei-me aos pés do anjo que mas mostrava para o adorar. 9 E disse-me: Olha, não faças tal; porque eu sou conservo teu e de teus irmãos, os profetas, e dos que guardam as palavras deste livro. Adora a Deus. (Apocalipse 22:8-9 ACF)

Adorar qualquer pessoa exceto Jesus Cristo, o qual foi "Deus manifesto na carne", é o que?

Idolatria.

Somente use Bíblias traduzidas do Texto Tradicional (aquele perfeitamente preservado por Deus em ininterrupto uso por fieis): BKJ-1611 ou LTT (Bíblia Literal do Texto Tradicional, com notas para estudo) na bvloja.com.br. Ou ACF, da SBTB.